Куда пожаловаться на работодателя?

Куда я могу пожаловаться на работодателя по поводу не полных выплат пособия?

Целесообразнее обращаться в Государственную инспекцию труда.
Обращение в трудовую инспекцию направляется в письменном или электронном виде, а также может быть сделано устно на личном приеме. Письменное заявление может быть подано и через МФЦ.
Вы должны обратиться с заявлением о проведении проверки в целях принятия надлежащих мер по устранению допущенных нарушений и восстановлению нарушенных прав (п.60 регламента, утвержденного Приказом Минтруда России от 03.09.2014 N 603 н).
Если оно письменное, то в течение 3-х дней должно быть зарегистрировано и еще через 30 дней на него дается ответ, если устное — ответ должен быть получен в течение 30 минут (п. 13 регламента).
Нужно обращаться именно в этот орган, т.к. именно должностные лица Роструда уполномочены составлять протоколы об административных правонарушениях в отношении работодателя в таких случаях.
Второй экземпляр заявления можно направить в прокуратуру.

Куда эффективно пожаловаться на работодателя, который полгода не платит зарплату?

В трудовую инспекцию и прокуратуру. КоАП РФ, Статья 5.27. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права.

Работодатель оплатил работу по договору подряда на 50%, куда жаловаться?

Обращаться в суд и взыскивать остальную сумму.

Куда пожаловаться на работодателя анонимно?

Можно подать жалобу на сайт гос инспекции труда и в жалобе прямо указать: прошу моё имя работодателю не сообщать, потому что я опасаюсь преследований со стороны работодателя. Такой вариант допускается Трудовым Кодексом РФ ст. 358.